システム開発に活用できる補助金＆助成金ガイド【2025年度版】おすすめの開発会社と申請方法など
システム開発にかかるコストは、特に中小企業にとって大きな負担となることが多いですが、幸いにも補助金や助成金を活用することで、開発費用を大幅に軽減することができます。これらの支援制度は、新しい技術を導入するための強力な支援となり、事業の成長を加速させる手助けをしてくれます。
本ガイドでは、2025年度にシステム開発に活用できる補助金・助成金の詳細を徹底的に解説します。さらに、申請方法や必要書類、成功のためのポイントを紹介し、システム開発に取り組む企業がどのように補助金を利用して利益を得ることができるかを説明します。
また、信頼できる開発会社の選び方も合わせてご紹介し、実際に補助金を活用してシステム開発を行った成功事例を通じて、補助金活用の具体的な方法を学びましょう。
目次
システム開発に活用できる2025年度の補助金・助成金
2025年度は、システム開発に使える補助金や助成金制度が複数用意されています。
これらを活用することで、開発費用の負担を大幅に軽減し、事業のスタートや拡大をスムーズに進めることが可能になります。
ここでは、特に注目すべき主要な補助金・助成金をご紹介します。
新市場進出補助金
独立行政法人中小企業基盤整備機構が実施する新市場進出補助金は、国内外の新たな市場へ進出する中小企業を対象に支援を行う制度です。
ITサービスやシステムの導入による販路開拓、業務効率化にかかる費用が対象となり、最大で500万円まで補助されます。
事業の新展開やシステムの新規導入を検討している企業にとって、大きな追い風となる制度です。
省力化補助金（一般枠）
人手不足対策や業務効率化を目的としたシステム導入に活用できる補助金です。
対象経費の1/2以内、上限1,500万円まで補助され、ITツールやロボット、クラウドシステムの導入なども対象になります。
中小企業の省人化・業務改善ニーズに応じた、非常に実用性の高い制度です。
ものづくり補助金
製造業やIT関連企業など、革新的なサービス開発を行う中小企業を支援する補助制度です。
最大で1,250万円（補助率1/2〜2/3）まで補助され、ITシステムやアプリ開発、クラウド環境の整備なども補助対象となります。
採択率は年々変動しますが、しっかりとした事業計画書の提出が成功のカギとなります。
創業助成金
創業助成金は、創業予定者や創業後5年未満の中小企業者を対象にした助成制度です。
国や自治体によって実施されており、ホームページ作成、予約システム導入、会計ソフト導入などのIT投資が支援対象になります。
たとえば東京都の制度では、助成額は100万円〜400万円程度、助成率は対象経費の2/3までが一般的です。
賃借料、広告費、専門家指導費、ITインフラ整備費なども対象であり、創業初期における資金負担を軽減する強力な支援策となります。
制度内容は自治体により異なるため、各地域の商工会議所や自治体サイトで最新情報を確認することが大切です。
中小企業新市場進出補助金
新市場進出補助金は、中小企業が既存事業とは異なる新市場・高付加価値分野への進出を支援するための補助制度です。
所管は中小企業基盤整備機構で、企業が新たな販路やサービスを展開する際の設備投資やシステム導入費用が補助対象となります。
対象企業は中小企業基本法に基づく中小企業等で、従業員数に応じた補助上限額が設けられています。
- 20人以下：2,500万円（賃上げ特例で3,000万円）
- 21～50人：4,000万円（同5,000万円）
- 51～100人：5,500万円（同7,000万円）
- 101人以上：7,000万円（同9,000万円）
※補助率は原則1/2となっています。
この補助金には、「新事業進出要件」「付加価値額要件」「賃上げ要件」など、複数の条件を満たす必要があります。
特に、新たな事業分野での取り組みや、雇用・給与面での一定水準以上の改善を求められます。
補助対象経費には以下が含まれます。
・機械装置、システム構築費、クラウド利用料
・技術導入、専門家経費、広告宣伝費、展示会出展費用など
これにより、単なる物理的設備投資だけでなく、システム開発・IT導入にも幅広く対応可能です。
たとえば、業務効率化のためのクラウドシステムの新規導入や、B2Bプラットフォームの開発などが実際の申請例として挙げられます。
特に、既存事業とは異なる新たなサービスや市場開拓に関わるシステムは、審査上で高評価を得られる傾向にあります。
なお、本補助金は、かつて多くの中小企業が利用した事業再構築補助金の後継として設計されており、より明確に「新市場進出」にフォーカスしているのが特徴です。
そのため、従来の補助制度よりも革新性・事業転換の具体性が強く求められる点には注意が必要です。
まとめ
新市場進出補助金は、クラウド基盤構築や新規システム開発など、独自性あるIT投資を支援する制度です。
最大9,000万円の補助が可能で、新規市場への挑戦を後押ししたい企業にとって、非常に魅力的な選択肢と言えるでしょう。
公式サイト：https://shinjigyou-shinshutsu.smrj.go.jp/
中小企業省力化投資補助金（一般枠）
中小企業省力化投資補助金は、中小企業や小規模事業者が生産性向上を図るために、省力化や自動化を目的とした設備・ツールを導入する際に活用できる補助金制度です。
この補助金の目的は、人手不足や人件費高騰といった経営課題を抱える中小企業が、業務の効率化とコスト削減を実現するための支援です。
特にITツールやロボットなどの省力化設備への投資を促進し、事業の持続可能性を高めることに重点が置かれています。
補助対象となるのは、あらかじめ事務局が登録した「カタログ」に掲載された設備やツールを導入するケースに限られます。
このカタログには、業務自動化・効率化を支援するツールが多数掲載されており、導入する設備は事業内容や規模に応じて選定可能です。
システム開発においては、例えば以下のようなケースで補助対象となる可能性があります。
- 業務プロセスの自動化（RPA導入など）
- クラウド型の業務管理システム導入
- 在庫・受発注管理などの統合システム
- 無人受付・発券・決済システムの構築
なお、補助対象となるシステムは「カタログ登録されたもの」に限られるため、自社開発の完全オリジナルシステムは対象外です。
ただし、カタログに登録されたツールやシステムと連携するカスタマイズは、導入の範囲内で認められるケースもあります。
補助率は通常1/2以内、補助上限額は200万円です（導入設備の規模や業種によって異なる場合あり）。
自社に必要な設備や業務効率化を目指す導入計画を立てることで、補助金の採択率を高めることができます。
この補助金は、定められた設備やツールを導入することで迅速に省力化を実現し、競争力を高めることを目的とした、非常に実用性の高い制度です。 特に、人的リソースに課題を抱える中小企業にとっては、経営改善の大きな一手となり得ます。
公式サイト：https://shoryokuka.smrj.go.jp/ippan/
ものづくり補助金
ものづくり補助金（正式名称：「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」）は、中小企業・小規模事業者が革新的な製品・サービスを開発・改善するための投資を支援する制度です。
この補助金は、IT導入・業務効率化・クラウド化など、システム開発やITソリューション導入にも活用可能で、生産性向上やデジタル化を図る中小企業にとって非常に有用です。
補助対象には、業務システム構築、クラウドサービスの導入、RPAやIoTを活用したシステム構築、AI導入などが含まれます。 また、補助金の上限額は事業規模や補助枠によって異なり、最大で2,000万円まで申請可能です。
さらに、この補助金は「旧・事業再構築補助金」の後継的な性質も持ち、より実践的かつ成果重視の支援枠として注目されています。
補助率は、一般的には中小企業で2/3、中堅企業で1/2程度となっており、賃上げ要件を満たすことで優遇される場合もあります。
システム開発における活用例は以下のようなものがあります：
- 業務のペーパーレス化に伴うクラウド型業務管理システムの開発
- 受発注・在庫・生産・出荷の一元管理が可能なERPシステムの導入
- 製造ラインの可視化と効率化を目的としたIoT・センサー連動システム
- 多言語対応の予約・決済Webアプリの構築によるインバウンド需要対応
- 社内のルーティン業務を自動化するRPAツールの開発・導入
これらの取り組みは、「革新性」「費用対効果」「事業計画の妥当性」が評価基準となり、補助金採択において重要視されます。
システム開発を検討している中小企業にとって、ものづくり補助金は事業成長の加速とコスト負担軽減を両立できる有力な手段といえるでしょう。
公式サイト： https://portal.monodukuri-hojo.jp/
創業助成金
創業助成金は、創業予定者または創業後5年未満の中小企業・個人事業主を対象とした助成制度です。
地方自治体や商工会議所を中心に提供されており、創業時の資金負担を軽減する狙いがあります。
この助成金では、創業準備や創業初期に必要な費用の一部が助成対象となります。
具体的には、ホームページ制作費、予約システム導入費、会計ソフト導入費など、ITインフラ整備にかかる経費も含まれます。
また、事務所賃借料や広告宣伝費、人件費なども対象となる場合が多く、創業支援の幅広いニーズに応える設計です。
助成上限額は自治体によって異なり、100万円〜最大400万円程度です。
助成率は多くの場合対象経費の2/3以内となっており、創業期のIT導入を資金面でサポートする構造です（例：東京都では上限400万円）
([東京中小企業振興公社](https://sue-tax.com/column/kaisyasetsuritsu-hojokin/), [Tempodas](https://tempodas.com/articles/529))。
制度利用の条件としては、創業前・創業後間もない段階であること、
さらに自治体によっては「創業支援セミナーの受講」「ビジネスプラン審査の通過」などの受講・支援要件が設けられているケースもあります。
システム開発分野での活用例としては：
- 多言語対応のWebサイトや予約システムの構築
- クラウド型会計・業務管理ソフトの導入
- EC・受発注システムなどの初期設計・開発費用
- ITコンサルティングやマニュアル作成などの導入支援
これらは創業初期の事業立ち上げを速やかに、効果的に支えるIT投資として評価されやすく、補助対象となり得ます。
まとめ：
創業助成金は、創業期の企業にとってITを活用したビジネスの立ち上げを資金面で大きく後押しする制度です。
ホームページ、予約システム、会計ソフトなど、システム開発・導入費用を2/3負担で整備できる貴重な手段となります。
自治体ごとに対象経費や助成条件が異なるため、管轄の自治体サイトや商工会議所の最新情報を確認することをおすすめします。
補助金・助成金申請方法と条件
申請の流れ
補助金・助成金の申請は、まず自社の導入計画や目的を明確化するところから始まります。
次に、自社の目的に合った制度を選定し、公募要領を確認します。
事業計画書や見積書、補助対象となるシステム内容などを準備し、オンラインまたは郵送で申請します。
その後、書類審査や面談審査が行われ、採択された場合は交付決定を受けます。
事業実施後、実績報告書を提出し、費用に対する補助金・助成金が支払われます。
申請に必要な書類
制度によって異なりますが、一般的に以下の書類が必要です。
- 事業計画書：目的・背景・導入内容・効果予測・スケジュールなどを記載。
- 見積書：対象となるシステムや機器の詳細と金額。
- 補助対象経費に関する資料：明細や費用項目の根拠資料。
- 会社概要書類：登記簿謄本・定款・決算書などの企業情報。
- 労働条件証明書など：賃上げ要件がある場合の証明資料。
- 添付書類：導入イメージ図やカタログ資料、専門家のコメントなど。
申請時の注意点
まず、公募要領に記載されている締切期限・補助対象範囲・補助率・上限額・除外項目を正確に確認してください。
事業計画は具体的かつ数値目標を明記し、効果や成果の見込みが了承できるレベルにすることが重要です。
書類や見積内容に不備があると、審査で減点対象となるため、特に費用の根拠・必要性・適正性の説明に注意が必要です。
賃上げ要件や新事業要件などの加点項目を活用できる要件があれば、積極的に取り入れて採択率を高めましょう。
また、採択後は期日内に実施・報告を完了し、証拠資料をしっかり保存することが求められます。
システム開発におすすめの開発会社5選
システム開発を依頼する際、どの開発会社に任せるかは非常に重要な決断です。
適切な開発パートナーを選ぶことで、プロジェクトの成功確率が大きく向上します。
特に、企業の業務改善や新しい事業の立ち上げにおいては、信頼性や技術力、そして柔軟な対応力が求められます。
本記事では、システム開発を得意とするおすすめの開発会社5選を厳選してご紹介します。
それぞれの会社が提供するサービスや特徴を詳しく解説し、あなたのビジネスに最適な開発パートナーを見つける手助けをします。
開発費用の見積もりやサポート体制、過去の実績を参考に、安心してプロジェクトを依頼できる会社を選びましょう。
システム開発における成功事例や、各社がどのような業界や技術に強みを持っているのかを比較し、理想的な開発会社選定の参考にしてください。
株式会社ファーストネットジャパン【大阪・東京】
サイトURL：https://www.1st-net.jp/lp/development/
株式会社ファーストネットジャパンは、1998年に設立された大阪発の老舗Web制作・システム開発会社です。
Webシステム開発やスマホアプリ、CMSカスタマイズなどに強みを持ち、マッチングサイトや予約管理、EC構築といった実務に即した開発で多くの企業の業務改善・収益向上を実現してきました。
東京にもオフィスを構え、全国からの依頼に対応可能。
要件定義から開発・導入後の運用支援まで、ワンストップでのサポートを提供しており、特に「成果の出るWeb構築」をテーマにした提案力が高く評価されています。
デザイン性とユーザビリティに優れたUI/UX設計、SEOやマーケティング支援も可能で、開発に留まらないパートナーとして多くの企業に選ばれています。
株式会社ファーストネットジャパンの特徴
- SEOとUI/UXに配慮したWebシステム・アプリ開発が可能
- 中小企業・スタートアップ支援に強みを持つ開発パートナー
- 大阪・東京の2拠点体制で全国対応、導入後の保守までサポート
株式会社ファーストネットジャパンの会社概要
設立年：1998年
所在地：
大阪本社：〒541-0058 大阪市中央区南久宝寺町1-7-10-201
東京オフィス：〒108-0075 東京都港区港南2-17-1 京王品川ビル2F C-40
主な開発ジャンル：Webシステム開発、スマホアプリ、CMSカスタマイズ、マッチング、予約管理、EC構築
株式会社デジタライズ【名古屋】
サイトURL：https://www.digitalize.co.jp/
株式会社デジタライズは、2001年創業の名古屋発・全国対応のシステム開発会社です。
「道がなければ、自ら作る」を社名に込め、業務改善に特化したシステム開発やクラウドストレージ「TRunQ」、CRMサービス「SCRuM」など自社サービスも展開しています。
基幹システム、Web・スマホアプリの受託開発からデータセンター運用・クラウド基盤提供まで一貫対応。
名古屋本社のほか、東京と旭川にも拠点を構え、地域密着ながら全国企業のDX支援・課題解決に取り組んでいます。
顧客企業（トヨタ系列、自治体法人など）への継続した導入実績も複数あり、業種を問わない対応力が強みです。
自社開発＋受託＋インフラ提供の複合力で、安心して任せられる開発体制を整えています。
株式会社デジタライズの特徴
- 業務改善に特化した受託型システム開発と自社クラウドサービスを両立
- 名古屋・東京・旭川の3拠点体制で、地域密着かつ全国対応
- トヨタ系など大手クライアントへの導入実績多数、信頼性が高い
株式会社デジタライズの会社概要
設立年：2001年3月1日
所在地：愛知県名古屋市名東区貴船2丁目102番地2
主な開発ジャンル：業務改善システム、クラウド基盤（ストレージ・CRM）、Web・スマホアプリ、データセンター運用
株式会社アスリエ【福岡】
サイトURL：https://asucreate.co.jp/
株式会社アスリエは、福岡市中央区を拠点とし「システム開発の工務店」を標榜する受託型ソフトウェア開発会社です。
要求定義から設計・開発・リリース後のフォローまで、一貫したワンストップ体制で対応します。
ウォーターフォールとアジャイルを融合した独自のハイブリッド開発手法を採用し、UI/UXを重視した設計で、使いやすさと品質に定評があります。
福岡を中心に九州圏の中小企業へ業務改善・業務効率化のためのシステム構築を提供しつつ、オフショア連携によりコスト面でも柔軟な対応が可能です。
また補助金サポートの実績も豊富で、実際に90%以上の採択率を記録している点も中小企業にとって大きな安心材料となっています。
株式会社アスリエの特徴
- 「工務店型」体制で、ヒアリング～フォローまで一貫対応
- ウォーターフォール×アジャイルのハイブリッド開発を実践
- 補助金申請支援により中小企業の予算負担軽減も強力サポート
株式会社アスリエの会社概要
設立年：2019年6月3日
所在地：〒810-0041 福岡県福岡市中央区大名2丁目6-53 大名ガーデンシティテラス棟2F DIAGONAL RUN FUKUOKA内
主な開発ジャンル：Webシステム開発、スマホアプリ開発、業務管理システム、ECサイト構築、補助金申請支援
株式会社クラウドスミス【仙台】
サイトURL：https://cloudsmith.co.jp/
株式会社クラウドスミスは2017年設立の若手企業で、仙台本社を中心に東京にも拠点を持つ、Webシステムとクラウド構築に強みを持つシステム開発会社です。
「職人」を社名に冠するように、UI/UXにこだわった高品質な業務系・SaaSサービス開発を展開しています。
企画から開発、インフラ構築・運用まで一貫して対応し、特にAWSやAzureなどクラウド環境の導入において定評があります。
少数精鋭ながら真摯なヒアリングと顧客目線の提案を重視し、受発注・人事評価・保育園向けシステムなど、実用性の高い開発実績が多くあります。
また、プライバシーマーク・ISO9001取得など品質保証体制もしっかり整っており、安心して依頼できる企業です。
株式会社クラウドスミスの特徴
- UI/UX重視・職人集団による業務系＆SaaSサービスの開発
- AWS/Azure/GCPのクラウド基盤構築と運用・保守に精通
- プライバシーマーク・ISO9001・健康経営優良法人など安心品質体制
株式会社クラウドスミスの会社概要
設立年：2017年10月19日
所在地：仙台本社：〒980-0021 宮城県仙台市青葉区中央4‑4‑19 アーバンネット仙台中央ビル15F
主な開発ジャンル：業務系Webシステム、SaaSサービス、クラウドサーバー構築・運用、アプリ開発、システムコンサル
Younode株式会社（ユーノード）【札幌】
サイトURL：https://younode.com/ja
Younode株式会社は、2018年設立の札幌発スタートアップ型受託開発企業です。
自社プロダクト「PULP」（音楽SNS）や「Crypto Wombat NFT」を手がける一方で、スタートアップや新規事業向けラボ型開発「Digital Lab」にも注力しています。
札幌本社を拠点に、フロント／バックエンド、クラウドなどをカバーする10名ほどの開発チームを構成。
海外（主にバングラデシュ）の優秀なエンジニアとも連携し、スピード感とコストパフォーマンスを両立した開発体制が特徴です。
ブロックチェーンやNFT、ChatGPTなど最新技術分野にも積極的に取り組んでおり、革新的なプロダクトを世に送り出す企業として注目されています。
Younode株式会社の特徴
- 自社サービス（音楽SNS・NFT）＋受託ラボ型開発「Digital Lab」体制
- 海外エンジニアとのリモート連携で、スピードと適正価格を両立
- ブロックチェーン、NFT、ChatGPTなど先端技術領域に強い
Younode株式会社の会社概要
設立年：2018年9月13日
所在地：札幌市中央区北３条東５丁目５番地 岩佐ビル３階
主な開発ジャンル：スマホ／Webアプリ、クラウドインフラ、NFT・ブロックチェーン技術、受託ラボ型開発
まとめ｜補助金を活用して、理想のシステム開発を実現しよう
本記事では、2025年度に利用できるシステム開発向けの補助金・助成金について解説しました。
「新市場進出補助金」「中小企業省力化投資補助金」「ものづくり補助金」「創業助成金」など、それぞれに特色があり、要件や補助対象経費も異なります。
これらの制度を正しく理解し、目的に合わせて賢く活用することで、初期投資の負担を軽減しながら、高品質なシステムを構築することが可能になります。
また、補助金の活用には、信頼できる開発会社との連携も欠かせません。
全国各地から厳選したシステム開発会社を紹介しましたので、ぜひパートナー選びの参考にしてください。
補助金を活かして、業務効率化や新たなビジネスの推進につながる最適なシステム開発を実現しましょう。
